Inició sus actividades en 1997 como Delegación de la Comisión Europea tras la firma de los Acuerdos de Paz que propiciaron la intensificación de las acciones de cooperación entre Guatemala y la Unión Europea. A partir del 1 de diciembre del 2009 pasó a ser la Delegación de la Unión Europea en Guatemala.
La Unión Europea está representada en Honduras por una Delegación situada en Tegucigalpa. La Delegación tiene categoría de misión diplomática y representa oficialmente a la UE en Honduras.